Cátedras
El Fondo Museo reúne la documentación generada por sus órganos de gobierno, administración y gestión desde su fundación hasta el presente. Comienza con una parte importante del archivo personal de Pedro Franco Dávila antes del traslado de su gabinete de París a Madrid, y continúa con toda la documentación producida por el desempeño de sus funciones en la recepción, organización y primera dirección del recién creado Real Gabinete de Historia Natural, fundado en pleno Siglo de las Luces, siglo singular por sus avances en la historia natural y el gusto por el coleccionismo.
Estos dos siglos y medio de historia de la Institución pueden consultarse en el Fondo Museo que se organiza en las siguientes series: Dirección; Junta de Profesores/Junta Directiva; Secretaría; Cátedras; Estaciones Experimentales Biológicas; Colecciones; Expediciones Científicas; Biblioteca y Archivo; y Exposiciones y Programas Públicos.
En cuanto a su actividad docente, desde 1787 el Conde de Floridablanca dispone que los estudios de ciencias naturales se impartan en el Gabinete, para ello se crean escuelas y cátedras especializadas en la materia. Durante la primera mitad del siglo XIX, la Junta de Protección del Museo primero, y la Junta Gubernativa después, se encargarán del fomento de todas las ramas científicas.